A proposta do governo de regulamentação da reforma tributária prevê a manutenção - até os prazos já estabelecidos - de alguns regimes especiais. De desoneração, estão mantidos o Regime Tributário para Incentivo à Modernização e à Ampliação a Estrutura Portuária (Reporto) e o Regime Especial de Incentivos para o Desenvolvimento da Infraestrutura (Reidi).

A proposta também prevê a continuidade do Regime Aduaneiro Especial Aplicável ao Setor de Petróleo e Gás (Repetro), além das Zonas de Processamento de Exportação (ZPEs).